2183年
银河系议会控制区域
坐标：机密
一座没有任何标识的巨型空间站里，一名特工正在汇报着什么。在这件空旷的办公室玻璃窗之外，是一颗巨大的红巨星。
“薛帕德把所有的事都完成了，这超过了我们的预期。”这名名叫米兰达·罗森的人正在看着那颗红巨星。
“指挥官薛帕德，揭开了真相。”坐在阴影之中的神秘男子正在吸着昂贵的香烟。
“但是这远远不够。”米兰达说着，转过了身。
“我们正处于战争之中，没有人愿意承认，但是这是事实。人类正在遭遇袭击。”神秘男子掸了掸烟灰。
“但是他们派她去打桀斯，桀斯！”米兰达看着神秘男子，“我们都知道那不是真正的威胁，收割者就在外面。”
“那就要靠我们来阻止他们了。”神秘男子从秘书手里接过一份报告。
“理事会不会相信我们的，他们不会接受我们的帮助。”米兰达叹了口气，“但是薛帕德，他们会听她的，她是个英雄，一个真正的偶像。但同时她也不过就是个普通女人罢了。如果我们失去了薛帕德，人类会跟着一起坠落。”
“那就确保我们不会失去她。”神秘男子熄灭了香烟，用他那略带诡异的蓝色眼睛看着他的得力干将。他背后的墙上，依旧是那个巨大的橘黄色镂空六边形标志——塞伯鲁斯。
银河系界神星系欧米茄星云
阿玛达星系
星系联盟海军SSV诺曼底SR－1号护卫舰正在执行例行巡逻任务。这艘拥有银河系最尖端隐身技术的护卫舰可以在混乱的界神星系之中穿梭自如而不被敌人发现。
这里集结了来自银河系四面八方的精英人才。舰长星系联盟海军N7特种部队指挥官人类幽灵珍妮·薛帕德中校、生物异能者星系联盟海军中尉凯登·阿兰科、驾驶员星系联盟海军飞行中尉杰夫·莫罗、前C－Sec警官突锐战士盖拉斯·瓦卡里安、克洛根赏金猎人莱克斯·厄德诺、奎利工程师塔莉·佐拉、阿莎丽普洛仙专家同时也是强大的生物异能者莉亚娜·T苏尼以及星系联盟海军最优秀的舰员。就在两个星期之前，这支小队成功粉碎了一次针对整个银河系的重大阴谋。他们在最后关头击溃了企图召回大部队的收割者前锋——霸主，粉碎了收割者入侵银河系的计划。
但是尽管神堡理事会最终认可了人类对于银河系所作出的巨大贡献并且吸纳星系联盟加入了神堡理事会，但是他们拒绝相信收割者存在的事实。他们把一切责任归咎于死去的叛变幽灵——萨伦·阿特留斯以及他手下的人工智能种族桀斯。
薛帕德再次奉理事会之命，进入界神星系，处理桀斯危机。
这只是一次普通的例行巡逻任务，就像两个月之前那次试航任务一样。情报指挥甲板里衣服井然有序的样子，所有人都在自己的岗位上忙碌着。诺曼底号刚刚进入了欧米茄星云，这里是混乱的界神星系的中心，是海盗、军阀、雇佣兵的天堂，诺曼底号的每一个船员都绷紧了自己的神经。
“我们简直是在浪费自己的时间。”导航员普莱斯利抱怨个不停，“在这里花了整整四天时间却连桀斯的飞船的尾灯都没看见。”
“上个星期这里有三艘飞船失踪，一定发生了些什么。”驾驶员joker分析着。
“我打赌是奴隶贩子干的，界神星系里到处都是这些家伙的踪迹。”普莱斯利看着界神星系的星图。
“远程扫描仪发现了一些东西，不明身份飞船，像是一艘巡洋舰。”副驾驶报告。
“与所有已知信号都不符合。”joker感到了一丝不安。
“巡洋舰正在改变航线，已进入截击航线！”副驾驶发出紧急报告。
“不可能！隐形系统还在工作，桀斯不可能知道我们在这里。”导航员普莱斯利感到不可思议。
“这不是桀斯！立刻准备进行机动规避！”joker拉响了警报。
但是为时已晚。巨型巡洋舰的离子束主炮朝诺曼底号打了过来，尽管已经进行了紧急机动规避，诺曼底号还是被击中了。一个推进引擎被击毁，船舱内开始起火爆炸。短路引发的电气火灾从机械室直接蔓延到了驾驶舱，导航员普莱斯利和副驾驶在这第一轮攻击之中就失去了生命。
“动能屏障失效！引擎熄火！武器系统无法启动！谁去把驾驶舱的火灭了！”joker看着显示面板大声叫着。
巨型巡洋舰的攻击还在继续，诺曼底号一次又一次的承受着打击，船身不停的剧烈震颤着，大火开始在各层甲板之间蔓延开来。
凯登跑向了二层的生活甲板，指挥官正站在控制台前下达弃舰命令。
“求救信标已经准备好发送。”珍妮戴上了呼吸者头盔。
“星联能及时赶到吗？”凯登表示怀疑，毕竟这里可不是议会控制区域。
“星系联盟不会抛弃我们的。”珍妮抓起一个灭火器，丢给了凯登，“我们只要坚持住，让所有人进入逃生舱。”
“joker还在驾驶舱，他不肯弃船，”凯登对准身边不断蔓延的火势打开了灭火器的喷嘴，“我也不走！”
船舱内又发生了一次爆炸，船身剧烈震颤，形式已经是万分危急了。
“我需要你把所有船员带进逃生舱，我去管joker。”珍妮拉住了凯登的手。
“指挥官。”凯登看着面前的珍妮。
“凯登！走！立刻！”
凯登看着珍妮的眼睛，咬牙吐出了两个词：“遵命。”
遍体鳞伤的诺曼底号几乎完全失去了控制，顶层装甲已被彻底破坏，情报指挥甲板完全暴露在了外面，船身一侧的一个个逃生舱被从船体上弹射了出来。
珍妮急匆匆的赶往驾驶舱，船体的人造重力已经消失了，现在情报指挥甲板已经完全暴露在了真空之中。
Joker开启了驾驶舱的防护屏障，防止空气外泄。他依旧坐在驾驶员的位置上，掌控着诺曼底，祈祷着不要解体。
“快点，joker，我们得离开这里！”珍妮冲进了驾驶舱。
“不！我不走！我还能救诺曼底！”固执的飞行中尉坚持要与飞船同生共死。
“诺曼底已经不行了！与船共存亡也改变不了这个事实！”珍妮很清楚诺曼底号已经完全被重创，谁也拯救不了这一艘船。
与此同时，另一发离子束火炮打中了舰桥。
“好吧，扶我起来。”这名患有脆骨症的飞行员，终于做出了妥协。
珍妮一把抓起了joker的胳膊，把他架到了船侧的逃生舱。就在这时，巨型巡洋舰再一次对准诺曼底号开火，直接命中了诺曼底号的零素核心引擎。船体发出了剧烈的爆炸。强烈的冲击把珍妮甩了出去。
“薛帕德！”joker倒在逃生舱的地上眼睁睁的看着指挥官被敌人的离子束射线隔在了飞船的另一端。
珍妮知道没有时间了，她靠着最后的力量按下了弹射按钮。Joker的逃生舱立刻封闭了起来，被弹射出去，远远地离开了不断爆炸的诺曼底号。零素核心崩溃了，诺曼底号的船体发出了最后一次剧烈爆炸。珍妮被冲击波狠狠地推了出去，后背撞在了船体的残骸上。她漂浮在太空中，亲眼看着自己的飞船随着那一阵阵炫丽的火光，解体成上百块碎片。
一阵细小的声响引起了珍妮的注意，她预料到了最坏的情况。在刚刚的撞击之中，自己的护甲受损，封闭护甲内部的氧气正在泄露。珍妮挣扎着，不断尝试着封堵漏洞，但是她也清楚，这是不可能成功的事情。随着护甲内部氧气含量的不断下降，珍妮的意识越来越迷糊，最后她失去了知觉。
直到指挥官的大脑神经系统停止了工作。她的遗体，随着诺曼底号的残骸，向阿尔切拉行星表面坠落而去。
星系联盟的救援队，数个小时之后才赶到欧米茄星云。诺曼底号的大部分船员都获救了，搜救人员登陆了被冰雪覆盖的阿尔切拉，搜救工作进行了数周。他们找到了诺曼底号的坠毁地点，但是没能找到海军中校指挥官珍妮·薛帕德的遗体。
2183年底，星系联盟正式宣布海军中校珍妮·薛帕德阵亡。没有追悼，没有公开讲话，甚至连一个简单的仪式都没有举行。理事会不希望这位幽灵特工之前发表的言论流传出去，所有与之相关的人和档案都在理事会的授意之下被雪藏。星联海军20名船员在这次袭击中牺牲，诺曼底编队被解散，外籍船员被驱逐，曾经的人类骄傲终于沦为了回忆和阴霾。
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